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Laboratoire Caractérisation Génomique des Plantes (LCGP)

Responsable : Magda BOU DAGHER-KHARRAT (Professeur)


Membres : Hicham El ZEIN (Chercheur invité),  Perla FARHAT (Doctorante)



Thématique:
Caractérisation génomique des plantes natives du Liban et Restauration des écosystèmes



Description 

Au Liban, un grand nombre d’espèces végétales est menacé par la destruction de l’habitat, la pollution, etc. L’accent est mis sur les plantes endémiques afin de confirmer leur singularité génétique avant de procéder à l’étude de leur cycle de vie et de leur écologie pour mieux les valoriser et les préserver. 
Concrètement, des analyses de l’ADN des plantes nous permettraient d’une part d’identifier les plantes « barcoding » et vérifier leur origine. D’autre part, d’étudier la variabilité entre les individus d’une même espèce. Ce dernier point est crucial quand il s’agit de réhabilitation de populations, renforcement, reboisement, etc. 
Dans ce volet, les outils suivants sont employés :

  • L’analyse de la taille du génome (quantité d’ADN par cellule)
  • L’organisation du génome en chromosomes (caryotype, position des organisateurs nucléo aires, Localisation par fluorescence de séquences d’intérêt, chromosome painting, ...).
  • Étude de la diversité génétique entre les individus d’une même espèce et entre différentes espèces d’un même genre à l’aide de marqueurs moléculaires cytoplasmiques et nucléaires qui révèlent des séquences spécifiques de l’ADN : régions neutres ou fragments de gènes (AFLP, ITS,…)

Concrètement, des analyses de l’ADN des plantes nous permettraient d’une part d’identifier les plantes « barcoding » et vérifier leur origine. L’étiquetage de ces ressources génétiques permettrait aux autorités locales de pouvoir prendre des mesures contre le piratage et l’exploitation commerciale irrégulière. 
Plusieurs espèces ont déjà été profondément étudiées au laboratoire. Les cèdres, les genévriers, les Iris et les Astragales.


Collaborations nationales, régionales et internationales

A l’échelle nationale : Ministère de l’Agriculture
A l’échelle internationale : Botanischer Gartenund Botanisches Museum Berlin-Dahlem Dahlemer Saatgutbank,14195 Berlin, Allemagne, Centro Conservazione Biodiversità (CCB), Dipartimento di, Scienze Botaniche, Università de gliStudi di Cagliari, v. le Sant'Ignazio da Laconi, 13, 09123, Cagliari, Italie

  • Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale, Europôle méditerranéen de l'Arbois, BP 80 F 13545 Aix-en-Provence cedex 04, FRANCE
  • BIOGECO, Inra - Université Bordeaux 1, Bâtiment B8, Avenue des Facultés, 33405 Talence, France
  • INRA, UR629 Ecologie des Forêts Méditerranéennes (URFM), F-84914 Avignon, France Domaine Saint Paul, Site Agroparc, 84914 Avignon Cedex 9
  • Unité Ecologie, Systématique, Evolution, UMR 8079 UPS-CNRS-Agro ParisTech, Département "Biodiversité, Systématique et Evolution "Bat. 360, 91405 ORSAY CEDEX, FRANCE
  • Institute of Dendrology, Polish Academy of Sciences, Parkow 5, 62-035 Kórnik, Poland
  • Plant Genetics Institute, National Research Council, Via Madonna del Piano 10, 50019 Sesto Fiorentino (Firenze), Italy
  • Département Ecologie et Gestion de la Biodiversité, CERSP, UMR 7204, Muséum National d’Histoire Naturelle, 61 rue Buffon, 75005 Paris, France


Rayonnement


Publications (ne sont considérées que les publications datant de 2007. Les communications en général dans des congrès, colloques ou autres manifestations ne sont pas considérées dans cette brochure)

  • Bou Dagher-Kharrat M., Mariette S., Fady B., Lefevre F., Grenier G., Plomion C. et Savouré A., Geographical diversity and genetic relationships among Cedrus species assayed by AFLP. 2007. Tree Genetics & Genomes 3: 275-285
  • Bou Dagher-Kharrat M., Il Libano, Gioiello Verdedell’Oriente: trasplendore calamità, Editions Settecittà Viterbo, 450 pages circa, Ministère de la Recherche Scientifique et de l’Université, et Université dellaTuscia, PARAITRA: Février 2010.  ISBN : 978-88-7853-138-3.
  • Douaihy, B., Vendramin G., Boratynski A., Machon N., Bou Dagher-Kharrat M. 2011. High genetic diversity with moderate differentiation in Juniperu sexcelsa M. Bieb. From Lebanon and the Eastern Mediterranean Region. AOBPlants. DOI: 10.1093/aobpla/PLR003.
  • Douaihy, B., Sobierajska, K., Jasinska, A. K., Boratynska, K., Bou Dagher Kharrat M., Ok, T., Romo, A., Machon, N., Didukh, Y., Boratynski A., 2012. Morphological versus molecular markers to describe variability in Juniperusexcelsa subsp. excelsa (Cupressaceae). AoB PLANTS 2012: pls013; doi:10.1093/aobpla/pls013
  • Jasinska A., Boratynska K., Sobierajska K., Romo A., Ok T., BouDagherKharrat M., Boratynski A., Relationships among Cedruslibani, C. brevifolia and C. atlanticaas revealed by the morphological and anatomical needle characters. 2012. Plant Systematics and Evolution. Ms. No. PLSY-D-12-00106R1.

Thèses

  • thèse de doctorat soutenue et 3 thèses en cours

Espaces occupés

Laboratoire JOUZOUR LOUBNAN (FS/USJ)

Sources de financement

Conseil de la recherche de l’USJ (CR), UNESCO L’Oréal.






 

Recherche
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Unité de Recherche TVA
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